A keresőoptimalizálás viszonylag új ága a mobil SEO, amely a weboldalak mobilos verziójának organikus forgalomnövelésével foglalkozik. Számos esetben az a sajnálatos tendencia, hogy a mobil verziókon történő konverzió igen csekély, vélhetően, mert a mobilról netezők nem tudják használni nehézségek nélkül a websiteok nagy részét. A mobil SEO erre vonatkozóan is ad iránymutatásokat, best practicet, amellyel a mobil usereket hatékonyabb lehet kiszolgálni.
A mobil SEO-ban a „hagyományos” keresőoptimalizáláshoz hasonlóan a fő szerep a kulcsszavaknak jut, mivel a mobil és a desktop keresések eltérőek, így külön mobilos kulcsszókutatást is ajánlatos végezni.